1、缴费标准不同：一档：以本人月工资总额8%的标准按月缴费，其中用人单位缴交6.2%，个人缴交2%。二档：医保二档缴费基数为深圳市上年度在岗职工月平均工资，缴费比例为0.8%，其中单位缴纳0.6%，个人缴纳0.2%。三档：医保三档缴费基数为深圳市上年度在岗职工月平均工资，目前为8348元，缴费比例为0.55%，其中单位缴纳0.45%，个人缴纳0.1%。
2、门诊待遇不同：一档：社康中心的基本医疗费用，70%由个人账户支付，30%由统筹基金按规定支付。二档/三档：属于甲类药品和乙类药品的，分别由社区门诊统筹基金按80%和60%的比例支付；属于医保目录的单项诊疗或医用材料的，由社区门诊统筹基金支付90%，最高支付金额不超过120元；社区门诊统筹基金支付年度总额不超过1000元。
3、住院待遇不同：一档：住院发生的基本医疗费用和地方补充医疗费用起付线以上部分按规定支付95%或90%。二档/三档：可到绑定的社康中心结算医院住院，或经结算医院转诊到规定医院住院，所发生的基本医疗费用和地方补充医疗费用，报销比例为：一级医院：85%；二级医院：80%；三级医院：75%。